Présidé par le ministre, dirigé par un vice-président et un secrétaire que ce dernier désigne, ledit comité compte cinq membres permanents : le président de l'Association du corps préfectoral et des hauts fonctionnaires du ministère de l'Intérieur, le secrétaire général du ministère de l'Intérieur, le secrétaire général adjoint, directeur de la modernisation et de l'action territoriale, le sous-directeur du corps préfectoral et des administrateurs civils, le directeur chargé des Archives de France.

D'autres membres désignés par le ministre "en raison de leurs compétences particulières" constituent ce comité d'histoire dont le secrétariat (fonctionnement, gestion, animation,...) est assuré par la sous-direction du corps préfectoral et qui se réunit au moins une fois par an en formation plénière